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LC液相色譜儀分析檢測樣品的過程中，色譜柱會受到來自于樣品及色譜系統的污染，從而導致色譜柱耐用性差、壽命縮短。
來自于色譜系統的污染主要指，LC液相色譜儀系統中部件磨損而產生的固體顆粒，以及流動相系統過濾不*殘留的固體顆粒。來自于樣品的污染主要指，未*溶解的樣品或者已*溶解的樣品進入色譜系統中，由于樣品溶劑和流動相溶劑對樣品溶解存在的溶解度差異，導致沉淀析出污染系統。特別是對于中藥、天然產物、合成中間體及生物藥品的檢測，因基質的復雜性，色譜柱受污染的情況會更加嚴重。污染會導致色譜系統壓力升高、色譜柱塌陷、填料變色等，從而帶來檢測成本高，測試結果不準確等各種影響。
LC液相色譜儀方法的開發是一個繁復的過程，但不管再繁復，也有其規律可尋。方法開發過程中，一個總的原則是：先找到目標化合物的峰，然后調整峰形，再是進一步完善。
譜圖上的內容主要包括：色譜柱、波長、流動相、溫度、流速和進樣量這幾項。這意味著如果這幾個色譜條件都確定下來了就可以基本認為這個方法已經開發成功，所以開發方法時我們可以通過逐一的考查這幾個色譜條件來進行。
考查色譜條件是需要通過在色譜儀上進樣來進行的，這就需要我們首先確立一個初始條件，即回答從何開始的問題。在回答好“從何開始”這個問題之前，我們先要了解我們的被分析物，就像一場戰爭，首先要知道自己的敵人是誰一樣，我們要了解它的物理、化學性質，特別是化學結構式非常關鍵。
LC液相色譜儀在停機后需要一定的保養操作，但保養也分為短期停機保養和長期停機保養，下面給大家介紹下兩種停機保養的具體操作方法：
1、短期停機
在完成一天工作以后，都要停機等第二天再繼續工作，則可按以下步驟停機。
A）關閉二次儀表（記錄儀、積分儀或色譜工作站）。
B）關閉檢測器電源（同時切斷柱箱溫度檢測器的電源）。
C）停止恒流泵工作，然后切斷其電源。
D）用二次蒸餾水沖洗進樣閥的進樣孔（在“LOAD”和“INJECT”兩個位置）。
E）切斷實驗室工作電源，加滿盛液瓶中的流動相，待第二天使用。
F）將儀器罩上防塵罩。
2、長期停機
LC液相色譜儀數周或數月暫不使用，這時除按《短期停機》的A）～D）步驟處理外，還須完成以下步驟：
A）拆下恒流泵的流動相盛液瓶，換上色譜柱的保護試劑（例：甲醇、去離子水等），開啟泵數分鐘（流速0.5mL/min~1.5mL/min）后停泵。
B）從系統中拆下色譜柱，用的密封螺帽將柱管兩端密封后保存。
C）用普通φ1.6導管替代分離柱聯結。
D）用二次蒸餾水或去離子水輸入輸液泵，開啟泵，流量1mL/min~2mL/min，沖洗泵體、進樣閥、檢測器流通池數分鐘，在沖洗過程切換六通閥數次，使定量管得到清洗。
E）拆除替代柱的導管、泵輸入端和出口的導管和流通池輸入、輸出口導管，分別用螺帽密封輸液泵出口和流通池輸入、輸出口。
F）撥下總電源接線板的插頭，貯存好的流動相和樣品，LC液相色譜儀用干布擦洗儀器，罩上防塵罩。
G）檢測器存放地點應干燥。
